Já haviam se passado três anos desde a derrota de Apocalymon e os Mestres das Trevas. Desde a derrota dos últimos inimigos a notícia da derrota dos Mestres das Trevas, um grupo de quatro poderosos Digimons no nível Hipercampeão, pelas mãos de Yarimaru e seus Digimons rapidamente se espalhou por todas as partes do Digimundo desestimulando outros a seguirem seus passos e isso fez com que durante esse tempo o Digimundo passasse por um período de paz.
Não sendo mais necessário, Yarimaru voltou para seu mundo deixando seus três parceiros com o cargo de protetores do Digimundo. Ele voltava para visitá-los periodicamente abrindo portais com o seu Xros Loader para verificar o estado do Digimundo e passar um tempo com seus amigos. Ele sinceramente não esperava que tivesse que voltar a lutar contra Digimons depois dos Mestres das Trevas e Apocalymon já que todos sabiam o quão poderosos seus Digimons estavam, mas ele estava enganado e é claro que isso voltou a acontecer. Naquele dia ele recebera uma mensagem de Rosemon em seus Xros Loader dizendo que um novo inimigo havia aparecido e isso antecipou sua próxima visita ao Digimundo.
Ao chegar ao Digimundo ele encontrou seus parceiros novamente, mas eles não estavam mais nas formas evoluídas que era como ele os vira pela última vez, de alguma forma haviam voltado a ser Palmon, Ballistamon e Tailmon. Ele dera uma olhada no local onde estava, uma grande sala feita inteiramente de metal, estrondos eram vistos do lado de fora como se uma grande batalha estivesse acontecendo.
Yarimaru: Mas o que aconteceu aqui? Por que vocês regrediram e onde estamos?
Palmon: Um novo inimigo apareceu, foi isso que aconteceu. Dessa vez se trata de um humano que se auto-intitula Imperador Digimon.
Ballistamon: De alguma forma outro humano ganhou um Digivice, mas esse está espalhando o caos. Um belo dia ele apareceu no Digimundo com uma fortaleza voadora e começou a usá-la para plantar Torres Negras nessa área, então muitos Digimons, incluindo nós, vieram para cá para impedi-lo.
Tailmon: E então ele ativou as Torres Negras mandando um sinal que nos forçou a regredir para essa forma, o que é horrível, pois ele criou um Digimon artificial como parceiro, é um nível Supercampeão, e nós não podemos lutar contra esse tipo de adversário nessa forma.
Yarimaru: Então já que ele desabilitou a evolução normal, nós vamos usar os Digiespíritos.
Tailmon: Isso não vai funcionar. Torres Negras são um dispositivo maligno que existe somente em outra dimensão paralela ao Digimundo, são instrumentos muito perigosos que a maioria dos Digimons não se arriscam a usar porque distorcem o espaço-tempo e anulam todo tipo de evolução, exceto uma, a que usa os Digiovos, eles foram criados há muito tempo para combater os efeitos das Torres Negras. Felizmente descobrimos que o Imperador usa um desses para movimentar essa base quando nos infiltramos.
Yarimaru: Então estamos dentro da base dele. Muito bem, me levem até o Digiovo que viram.
Ballistamon: Ele está dentro do compartimento no meu peito, mas precisa de um Digivice para ser usado. Seu Xros Loader tem as funções dos antigos Digivices então deve funcionar.
Ballistamon abriu o compartimento em seu peito revelando algo que parecia uma mistura de ovo e esfinge em forma de estátua, mas Yarimaru não tinha tempo para refletir sobre isso e rapidamente apanhou o estranho objeto inserindo-o em seu Xros Loader que logo começou a emitir uma forte luz que atingiu Tailmon e começou a transformá-la até que ela havia evoluído para Nefertimon. Ela estava pronta para partir para fora da base para uma tentativa de derrotar o monstro do Imperador Digimon quando o próprio fez uma aparição inesperada, o Digimon artificial que ele havia criado e estava lutando do lado de fora contra outros Digimons havia usado sua técnica para abrir um buraco na parede e entrar na base, seu mestre estava montado em sua cabeça e parecia mais novo que o próprio Yarimaru.
Yarimaru: Então o famoso Imperador mostrou a cara!
Imperador Digimon: Vocês realmente pensaram que eu não notaria o roubo da fonte de energia dessa fortaleza? Quando vocês removeram o Digiovo ela parou em pleno ar, qualquer um poderia ver.
Palmon: Para falar a verdade nós sabíamos que notaria. O plano era nossos amigos do lado de fora ganharem tempo para nós chamarmos Yarimaru e ele usar o Digiovo para evoluir Tailmon, o que já foi feito. Ela vai lutar e destruir Kimeramon.
Imperador Digimon: Você acha que um mero Digimon nível Armadura conseguirá destruir minha criação? Kimeramon já esmagou toda a resistência do lado de fora, por que acha que teria uma chance?
Ballistamon: Porque nós acreditamos em Nefertimon e não vamos deixar você destruir a paz duradoura desse mundo e escapar impune.
Imperador Digimon: Besteiras, ao invés de me desafiarem vocês deveriam se render e se juntar ao meu exército pacificamente, pelo menos assim poderiam viver. Kimeramon, destrua-os!
Nefertimon: Não tão rápido!
Kimeramon reuniu uma grande quantidade de energia em sua boca e disparou contra o grupo na forma de um potente raio de calor, mas Nefertimon se colocou entre a criatura e seus amigos gerando uma réplica da Pedra de Rosetta com seu colar e usando-a como escudo para bloquear a rajada. Ela sabia que a defesa não iria resistir por muito tempo e a pedra já estava começando a derreter, mas deu tempo suficiente para que Yarimaru pusesse Ballistamon dentro do Xros Loader e se agarrasse em Palmon, que usou sua Erva Venenosa para se levá-lo em segurança até uma outra porta na outra extremidade da base por onde desapareceram em segurança. Nesse instante a Pedra de Rosetta já estava quase completamente destruída, então ela usou a Maldição da Rainha para disparar dois raios de sua testa e causar uma colisão de ataques, desaparecendo durante a confusão escondendo-se na cortina de fumaça que foi criada com a explosão. Enquanto isso os outros viam a batalha por uma janela reforçada e comentavam.
Ballistamon: Você realmente acha que devemos deixar Nefertimon lutar sozinha, o oponente dela está um nível acima. Há ocorrências de Digimons que derrotaram outros de níveis superiores, mas mesmo assim...
Yarimaru: É a melhor chance que temos, como vocês mesmo afirmaram mais cedo não dá para fazer muita coisa contra Kimeramon no nível novato, mas Nefertimon é o mais próximo do poder de um Supercampeão que nós temos agora que o Imperador Digimon desabilitou os outros tipos de evolução. Além disso, mesmo estando um nível abaixo ela possui uma grande vantagem sobre Kimeramon que pode equilibrar a batalha a favor dela, aquele Digimon já gastou muito de sua força lutando contra outros em nome do Imperador agora há pouco, então ele não está com força total. Nefertimon será capaz de resistir por algum tempo.
Palmon: Por algum tempo? Como assim?
Yarimaru: Tempo suficiente para que eu possa mover um plano adiante. Ele envolve interferir no resultado dessa luta, mas não diretamente. Tudo que precisamos fazer é encontrar os controles dessa fortaleza.
Yarimaru, Palmon e Ballistamon deixaram a batalha para trás e começaram a procurar pelos controles da base que não deveriam estar muito distantes da sala de energia de onde eles haviam removido o Digiovo da Luz mais cedo, eles fizeram o caminho de volta ao local e procuraram pela área ao redor e rapidamente encontraram a sala fechada que devia dar acesso aos controles da base, Ballistamon rapidamente destruiu a porta com sua força bruta abrindo caminho, mas o Imperador Digimon já havia chegado lá antes deles.
Imperador Digimon: Você realmente quer tentar a sorte comigo e meu Digivice das Trevas?
Yarimaru: Já é hora de parar com isso.
Imperador Digimon: Impossível, Kimeramon e eu somos forças irrefreáveis.
Várias raios de energia negra foram disparados do Digivice negro do Imperador e todos caíram no chão gemendo de dor, agora que o inimigo usava isso contra ele, Yarimaru finalmente descobria a verdadeira natureza de seu oponente. Ele estava sendo influenciado por uma força maligna, a mesma que ele estava usando para tentar corrompê-los agora, mas isso não funcionaria, eles já haviam resistido a muito pior antes e não iriam cair em um truque tão ridículo. Eles começaram a se levantar lentamente para surpresa do Imperador, que em desespero sacou seu chicote na tentativa de impedi-los, mas antes que pudesse fazer qualquer coisa havia sido repelido pelo Falante Pesado de Ballistamon sendo derrubado no chão, e em seguida, Palmon o amarrou com seu próprio chicote antes que ele pudesse se levantar deixando-o completamente imobilizado. Yarimaru ordenou que Ballistamon se posicionasse próximo aos controles em posição de destruí-los com seus punhos pesados.
Imperador Digimon: O que você pensa que está fazendo? Essa nave pode não se mover sem o Digiovo, mas se destruir os controles ela vai perder a capacidade de flutuar e cair matando a todos nós!
Yarimaru: Não, matando apenas a você. Eu posso abrir um portal para o mundo humano usando os monitores da sua base bem a tempo, eu e meus Digimons escaparemos por ele enquanto você fica para morrer com sua base, pois não pode usar seu Digivice e fugir estando amarrado.
Imperador Digimon: Você não faria isso, está blefando!
Yarimaru: Como você pode dizer isso quando acabou de me conhecer e não sabe que tipo de pessoa sou eu? Eu lhe poupo o trabalho e respondo a você, eu sou um protetor desse mundo e farei qualquer coisa para livrá-lo de cair nas mãos de pessoas como você. Então ordene Kimeramon a liberar seu Digicódigo agora mesmo ou deixo você para cair com sua criação.
Imperador Digimon: Kimeramon, liberar Digicódigo!
Yarimaru: Eu e Palmon vamos descer para escanear Kimeramon. Balllistamon, sabe o que fazer caso ele faça alguma gracinha.
Ballistamon: Entendido!
Enquanto isso Kimeramon lutava contra Nefertimon alguns andares abaixo na mesma base e estava levando a melhor durante a luta. Ela projetava cada vez mais réplicas da Pedra de Rosetta enquanto sobrevoava o campo de batalha, algumas eram postas como defesa enquanto outras eram usadas como formação de ataque. O inimigo lançava mais disparos de energia de sua boca e ela era forçada a se esconder atrás das pedras encarregadas da defesa enquanto enviava as de ataque contra ele, ela tentava atingir as asas do inimigo com elas e com isso fazê-lo cair para conseguir alguma vantagem, mas não estava tendo muita sorte. Quando ficou sem defesas ela mais uma vez usou a Maldição da Rainha para causar uma colisão de ataques gerando uma explosão fazendo com que o inimigo a perdesse de vista. Ela, contudo, ainda podia ver sua silhueta em meio a nuvem de poeira devido ao tamanho de Kimeramon, assim como uma pedra sobrevivente da última formação de ataque.
Ela enviou a última Pedra de Rosetta na direção das asas de Kimeramon e o inimigo como sempre pressentiu o ataque e tentou destruí-la no último segundo com seus quatro braços, mas dessa vez ela atingiu a Pedra de Rosetta ela mesma com a Joia do Nilo fazendo com que se partisse em pedaços e uma chuva de destroços chovesse sobre as asas de Kimeramon, vários fragmentos de pedra muito pequenos para serem repelidos por seus braços, mas ao mesmo tempo afiados o bastante para causar dano significativo em suas asas. Então, ele mais uma vez a surpreendeu batendo suas quatro asas para repelir os destroços e a nuvem de poeira, a rajada de ar foi tão grande que também fez com que ela fosse lançado contrada o chão e se tornasse um alvo fácil para seu disparo de energia. Ela se preparou para o fim quando Yarimaru chegou no último instante e escaneou os dados de Kimeramon que haviam sido expostos devido ao comando que o Imperador Digimon fora forçado a dar mais cedo reduzindo o oponente a um Digitama e salvando Nefertimon.
Nefertimon: Obrigado!
Palmon: Sim, nós vencemos, tudo deu certo e o inimigo foi parado. Mas Yarimaru, ainda tem algo que está me incomodando.
Yarimaru: Sim, pode falar.
Palmon: Se o Imperador Digimon não concordasse em expor o Digicódigo do Kimeramon, você realmente pretendia destruir os controles e deixá-lo para morrer? Ele não é um Digimon que se purificado simplesmente renasce.
Yarimaru: Não, ele estava certo, tudo sempre foi um blefe. Eu não tenho a capacidade de matar alguém a sangue frio, pelo menos não de forma permanente, mas na posição em que estava eu supus que ele ficasse desesperado e cedesse, foi o que aconteceu. Era arriscado, mas era a maneira mais segura que eu tinha de garantir a vitória de Nefertimon sem mandar você e Ballistamon em uma luta contra quem não poderiam nem mesmo causar dano.
Nefertimon: Então vamos voltar e trazer Ballistamon e ele de volta.
Yarimaru: Vamos voltar e destruir o Digivice negro, eu pude sentir quando ele o usou contra nós que ele influencia as pessoas multiplicando desejo por poder e agressividade. Sem essa influência ele eventualmente voltará ao normal e não será capaz de voltar a causar dano ao Digimundo.
Nefertimon: Quem será que deu a ele tal dispositivo?
??? Virem-se e descubram vocês mesmos.
Um novo Digimon havia aparecido, um ser com um corpo apodrecido e coberto por várias camadas de faixas como uma múmia. O mistério estava prestes a ser resolvido e novos inimigos estavam surgindo.